Plusieurs itinéraires existent bien évidemment selon votre durée de trajet, on peut faire une boucle à partir de Tokyo et aller au Sud ou bien faire l’inverse en prenant un vol intérieur pour mieux revenir en train. On peut très bien tout faire un train mais si vous avez un vol à l’arrivée et au départ de Tokyo, il faudra faire deux fois le trajet Tokyo – Kyoto qui est assez long.

Si vous pensez ramener beaucoup de souvenirs, c’est bien de finir par Tokyo où on peut trouver beaucoup de choses et ça évite de remplir la valise dès le début.

Si le timing le permet, je conseille vivement d’aller jusqu’à Fukuoka sur Kyushu et/ou de passer par Shikoku, c’est très reposant et cela offre des paysages un peu différent et avec moins de touristes. Cela permet de voir un autre aspect et d’autres paysages du Japon.

Enfin, voici pour moi, les choses importantes à inclure dans le voyage, à vous de faire le tri selon vos préférences :

• Un endroit où dormir dans un ryokan (avec onsen et en demi-pension) que ce soit pour la nourriture divine, la relaxation dans les onsens mais surtout pour vivre tout le côté traditionnel avec la chambre style japonaise, le yukata, …
• Voir le mont Fujisan de près mais aussi de loin
• Faire un onsen ou à défaut sento
• Voir les biches ou shika (Hiroshima ou Nara)
• Faire un des grands temples et un jardin zen (selon la saison)
• Visiter l’un des grands jardin : Okayama, Kanazawa ou autre
• Voir un des 3 grands châteaux du Japon (Matsumoto / Kumamoto / Himeji) ou à défaut un château japonais
• Profiter des mets japonais et tester notamment les ramen (je conseille tonkotsu), sushi, boeuf Wagyu (Kobe ou autre)
• Tester les salles d’arcade / gapcha game / UFO catcher / karaoke

Aussi avec le pass JR, on peut se déplacer très facilement, donc si vous voulez réduire les voyages en valises, c’est top. Par exemple Osaka ou Kyoto permettent d’aller facilement à Kobe / Himeji / okayama / … A partir de Fukuoka, on peut aller de partout sur Kyushu en 2h ou moins avec de bonnes fréquences de trains. Après Hôtel ou Hostel ou ryokan, on peut généralement laisser ces valises avant check-in et après check-out si besoin. Il y a aussi des coin locker un peu de partout sauf si vous avez une valise énorme.

Le meilleur compromis pour moi est tout de même de prendre un vol interne de Tokyo à Fukuoka pour parcourir le Japon du sud au nord.

Enfin, vous pouvez très bien opter pour la location de voiture et faire un road trip comme bon vous semble, cela est très utile dans les endroits plus reculés du Japon comme Kyushu, Hokkaido, Shikoku ou le nord du Japon.